【法人税の実務講座⑯】法人税の納付方法は？納め方・納付期限をわかりやすく解説

実務講座⑮までで、法人税・地方税・消費税の申告書がひととおり作れるようになりました。ただし、申告書を出しただけでは終わりません。最後に、計算した税金を実際に納める必要があります。

納付は、申告よりはるかに単純です。ただし、期限を1日でも過ぎるとペナルティがかかり、しかもそのペナルティは経費にできません。今回は、いつまでに・どうやって納めるのかを、サンプル株式会社の例で整理します。

1. 納付期限は「事業年度終了の翌日から2か月以内」

納付期限は申告期限と同じで、事業年度終了日の翌日から2か月以内。3月決算なら5月31日。法人税・地方法人税・地方税・消費税すべて同じタイミングで納める。

▲ 法人税の納付期限を示した図。納付期限は申告期限と同じく事業年度終了日の翌日から2か月以内であり、3月決算の会社なら5月31日が期限になること、法人税・地方法人税に加えて法人住民税・事業税などの地方税、消費税もすべて同じタイミングで納付する必要があることを表す。期限が土日祝日のときは翌営業日になる。

法人税の納付期限は、申告期限と同じです。事業年度終了日の翌日から2か月以内。たとえば3月31日決算の会社なら、5月31日が期限になります。

大事なのは、この日にまとめて出ていくお金は、法人税だけではないということです。実務講座⑭・⑮で見たとおり、同じタイミングで、地方法人税、法人住民税（均等割＋法人税割）、法人事業税・特別法人事業税、そして消費税も納付期限を迎えます。「法人税の分だけ用意していたら足りなかった」というのは、決算後によくある資金繰りの失敗です。決算の見通しが立った段階で、これら全部を合計した納税資金を確保しておく必要があります。

なお、期限が土日祝日にあたるときは、その翌営業日が期限になります（たとえば2026年5月31日は日曜なので、2026年3月期の期限は6月1日です）。

2. 納付方法は5つ ― 金額と手数料で選ぶ

納付方法は複数あります。中小企業が実際に使うのは、次の5つです。

納付方法の比較：ダイレクト納付（事前届出・無料・上限なし）、インターネットバンキング/ATM（無料）、クレジットカード（1,000万円未満・決済手数料あり）、スマホアプリとコンビニ（30万円以下・無料）、窓口納付（現金・領収証書が出る）。

方法	上限	手数料	ポイント
ダイレクト納付	上限なし	無料	事前の届出が必要。期日指定ができる
インターネットバンキング・ATM	上限なし	無料	ペイジー対応の金融機関で
クレジットカード	1,000万円未満	あり（決済手数料）	ポイント還元と手数料を比較
スマホアプリ	30万円以下	無料	少額向け
コンビニ（QRコード付納付書）	30万円以下	無料	現金と納付書が必要
窓口（金融機関・税務署）	なし（現金で持参）	無料	領収証書が出るのはここだけ

▲ 法人税の納付方法を比較した表。ダイレクト納付は事前の届出が必要だが手数料無料で金額の上限がなく期日指定もできること、インターネットバンキングやATMによる納付も手数料無料であること、クレジットカード納付は1,000万円未満で決済手数料がかかること、スマホアプリ納付とQRコード付納付書によるコンビニ納付は30万円以下で手数料無料であること、窓口納付は納付書と現金が必要だが領収証書が発行されることを表す。

ダイレクト納付は、e-Taxに登録した預貯金口座から引き落とす方法です。事前に税務署へ「ダイレクト納付利用届出書」を出す必要があり、届出から使えるようになるまで1か月程度かかります（初めて使う年は4月中に出しておきます）。手数料は無料で、金額の上限もありません。申告データを送信したあと、その場で即時に納付するか、期日を指定して予約しておくこともできます。中小企業の本命はこれです。一度届出をしておけば、翌年以降は数クリックで済みます。

インターネットバンキング・ATM（ペイジー）も手数料無料です。ネットバンキングを使っている会社なら、こちらでも構いません。

クレジットカード納付は、「国税クレジットカードお支払サイト」を使う方法です。納付額に応じた決済手数料がかかり、利用できるのは1,000万円未満の場合に限られます。カードのポイント還元が決済手数料を上回るなら有利になりますが、手数料負担がある点に注意が必要です。

スマホアプリ納付は、○○ペイなどのスマホ決済アプリで納める方法で、手数料無料。ただし30万円以下という上限があるので、法人税の本税ではあまり出番がありません。同じく、QRコード付きの納付書を使ったコンビニ納付も30万円以下です。

窓口納付は、納付書を持って金融機関や税務署の窓口で現金を払う昔ながらの方法です。事前の手続きは不要で確実ですが、窓口の営業時間内に行く必要があります。ひとつメリットがあり、領収証書が出るのは窓口納付だけです。電子で納付した場合は領収証書は出ませんが、e-Taxの受信通知が納付の証明として機能するので、通常はそれで足ります。なお、令和8年（2026年）9月24日の国税システムの更改で納付書の様式が新しくなり、「整理番号」欄（8桁）は「お問い合わせ番号」欄（13桁）に変わっています。

なお、個人事業主でおなじみの振替納税は、法人税では使えません（所得税や個人の消費税向けの制度です）。「口座から自動で引き落としたい」なら、ダイレクト納付を選びます。

3. 申告期限を延長しても、納付期限は延びない

ここが、実務でいちばん誤解されるポイントです。

会社によっては、株主総会が事業年度終了後3か月以内に開かれるなどの理由で、「申告期限の延長の特例」を受けていることがあります。この特例を使うと、申告書の提出期限を1か月延ばせます（3月決算なら6月30日）。ただし、法人税の延長が認められても地方税と消費税には自動では及ばないので、都道府県・市町村には「申告書の提出期限の延長の処分等の届出書」を、消費税は「消費税申告期限延長届出書」を別に出します。

ところが、延長されるのは申告期限だけで、納付期限は延びません。 3月決算なら、申告書は6月末でよくても、納付は5月末のままです。延長した期間について税金の納付が遅れると、その分に利子税がかかります。

そこで実務では、見込納付（仮納付）という方法をとります。本来の納付期限（5月末）までに、税額を概算で計算して先に納めてしまう方法です。あとで確定した税額が見込みより多ければ差額を納め、少なければ還付されます。こうしておけば、利子税の負担を避けられます。

もうひとつ知っておきたいのが、延滞税と利子税の違いです。延滞税は、期限までに納めなかったことに対するペナルティで、損金になりません。無申告加算税などの加算税も同じく損金不算入です。一方、利子税は、正規の手続き（延長）にともなう利息のような性格のもので、損金に算入できます。同じ「遅れた分の上乗せ」でも、税務上の扱いがまったく違うわけです。延滞税・利子税の割合は毎年見直されるので、実際の金額は国税庁の最新情報で確認してください。

では、どうしても資金が足りず、期限までに納められないときはどうすればよいのでしょうか。何もせず放置するのが最も避けるべき対応です。一定の要件を満たせば、税務署に申請して納税を分割したり猶予したりできる制度があります（換価の猶予・納税の猶予など）。認められれば、延滞税の一部が軽減されることもあります。まずは期限までに申告だけは済ませたうえで、早めに所轄の税務署に相談します。「申告もしない・納付もしない・連絡もしない」が、いちばん負担が重くなるパターンです。

4. 中間申告 ― 年に2回納めることもある

法人税の納付は、年1回とは限りません。前期の法人税額が20万円を超える会社は、事業年度の途中で中間申告と納付をする必要があります。

中間申告には2つの方法があります。ひとつは予定申告で、前期の法人税額のおよそ半分を納める簡便な方法。もうひとつは仮決算で、事業年度の上半期でいったん決算を組んで、実際の所得から税額を計算する方法です。上半期の業績が前期より大幅に落ちている場合は、仮決算を選んだほうが中間で納める額を抑えられることがあります（1年分の税額は確定申告で精算されるので変わりません）。

中間で納めた税額は、期末の確定申告のときに精算します。実務講座②で見たとおり、別表一で「中間申告分」を差し引いて、最終的に納める金額（差引確定法人税額）を計算する仕組みです。中間で納めすぎていれば、還付されます。

消費税にも中間申告があり、前期の消費税額（国税分）が48万円を超えると必要になります。金額が大きくなるほど回数が増え、年1回・3回・11回と段階的に増えていきます。地方税（法人住民税・事業税）にも中間申告があります。

5. 国税と地方税は別ルート

納付でつまずきやすいのが、宛先の違いです。実務講座⑭で見たとおり、税金の宛先は国・都道府県・市町村の3つに分かれていました。納付も、それぞれ別のルートで行います。

国税（法人税・地方法人税・消費税）は、税務署あて。電子ならe-Taxを使います。地方税（法人住民税・事業税・特別法人事業税）は、都道府県・市町村あて。電子ならeLTAX（地方税の電子申告・納税システム）を使い、地方税お支払サイトやeL-QR付きの納付書などで納めます。

つまり、「e-Taxでダイレクト納付を済ませたから全部終わり」ではありません。国税と地方税は別々に納付手続きが必要です。会計ソフトを使っていれば、e-TaxとeLTAXの両方に連携できるものが多いので、決算のときに両方の納付が済んでいるかを必ず確認します。

6. 記入例：サンプル株式会社

サンプル株式会社（3月決算）の納付：期限は5月31日。法人税・地方法人税、法人住民税・事業税・特別法人事業税、消費税をまとめて納める。国税はe-Tax（ダイレクト納付）、地方税はeLTAX。

▲ サンプル株式会社の納付の全体像を示した図。3月決算のため納付期限は5月31日であり、その日までに国税である法人税・地方法人税（967,800円）と消費税・地方消費税（2,000,000円）、地方税である道府県民税・事業税・特別法人事業税（354,700円）と市町村民税（102,600円）、合計3,425,100円をまとめて納める必要があること、国税はe-Taxのダイレクト納付、地方税はeLTAXという別のルートで納付することを表す。

サンプル株式会社（3月決算）の納付スケジュールを整理します。

納付期限は5月31日です。この日までに納めるのは、税務署あての法人税・地方法人税・消費税と、都道府県あての法人住民税（道府県民税）・事業税・特別法人事業税、市町村あての法人住民税（市町村民税）。実務講座⑭の計算例では、地方税だけで均等割70,000円＋法人税割61,300円＋事業税238,000円＋特別法人事業税88,000円＝457,300円がかかっていました。ここに法人税・地方法人税（実務講座②）と消費税（実務講座⑮）が加わるわけです。

税目	宛先・ルート	金額
法人税・地方法人税（実務講座②）	税務署／e-Tax（ダイレクト納付）	877,500円＋90,300円＝967,800円
道府県民税・事業税・特別法人事業税（実務講座⑭）	都道府県税事務所／eLTAX	20,000円＋8,700円＋238,000円＋88,000円＝354,700円
市町村民税（実務講座⑭）	市町村役場／eLTAX	50,000円＋52,600円＝102,600円
消費税・地方消費税（実務講座⑮、本則課税の例）	税務署／e-Tax	2,000,000円
合計		3,425,100円

▲ サンプル株式会社が5月31日に納めるもの（実務講座②⑭⑮の数字の合計）。法人税877,500円は全体の4分の1程度で、地方税と消費税を含めた合計で納税資金を見積もる。

納付方法は、国税はe-Taxのダイレクト納付を使うのが手軽です。申告データを送信したあと、受信通知から納付手続きに進み、期日を5月31日に指定しておけば、納付の失念も防げます。地方税はeLTAXから同じように手続きします。

仮にサンプル株式会社が赤字だったとしても、納付がゼロになるわけではありません。地方税の均等割7万円と、消費税（実務講座⑮のとおり赤字でも生じ得ます）は納めることになります。「赤字だから何も払わなくていい」ではない――これが、決算後にいちばん驚かれるところです。

まとめ：法人税の納付の要点

納付期限は事業年度終了の翌日から2か月以内（3月決算なら5月31日）。法人税・地方法人税・地方税・消費税がすべて同時期に来るので、合計額で資金を準備する。
ダイレクト納付が中小企業の本命（事前届出・手数料無料・上限なし・期日指定可）。ネットバンキングも無料。カードは1,000万円未満で手数料あり、スマホアプリとコンビニは30万円以下、窓口は領収証書が出る。振替納税は法人税では使えない。
申告期限の延長をしても納付期限は延びない。本来の期限までに見込納付するのが実務の定石。
延滞税・加算税は損金不算入、利子税は損金算入。割合は毎年見直されるので最新を確認。
前期の法人税額20万円超で中間申告（予定申告か仮決算）。消費税・地方税にも中間がある。
国税はe-Tax、地方税はeLTAXで別々に納付する。片方だけ済ませて安心しない。

納付そのものは、慣れてしまえば数分で終わる作業です。それでも、「期限は2か月以内」「延長しても納付は延びない」「延滞税は経費にならない」という骨格を押さえておけば、余計な負担を避けられます。いちばんの対策は、決算の見通しが立った時点で納税資金を別に確保しておくこと。それだけで、納付は事務手続きに変わります。

さらに一歩進めるなら、期中から少しずつ積み立てておく方法もあります。毎月の利益や預かっている消費税をもとに、納税用のお金を別口座に移しておくのです。実務講座⑮で触れたとおり、税抜経理にしていれば、仮受消費税と仮払消費税の差額から、今どれだけ消費税を預かっているかが帳簿で見えます。決算月にまとめて資金を用意しようとすると苦しくなりますが、月ごとに分けておけば、納付は淡々と処理できる作業になります。

実務講座①〜⑯で、決算書から申告書を作り、地方税・消費税まで申告し、納付するところまでが一本につながりました。最後に、この流れ全体をもう一度ひとつなぎにして、必要書類と年間スケジュールの形でまとめます。